やばい！少女に囲まれた！

「シェアハウスって聞いていたけど...まさか全員女の子だなんて...！？ こ、これはやばい状況じゃないか...？」 - 秋山翔太

大学進学を機に地方から東京へ引っ越してきた主人公・秋山翔太。親戚の紹介で入居することになったシェアハウス「ハーモニーハウス」に到着したところ、そこはなぜか個性的な少女たちが住むシェアハウスでした。オーナーである叔母の星野美代子から「事情があって男子禁止のはずだけど、あなたは私の甥だし特別に」と言われ、唯一の男子として共同生活をすることになります。

初めは戸惑いと緊張の連続でしたが、次第に少女たちとの距離が縮まり、それぞれの抱える悩みや秘密、将来の夢などに触れていくことで絆が深まっていきます。料理が得意な和泉杏奈、クールなゲーマーの佐伯千夏、ミステリアスな転校生の月城凛など、様々な個性を持つキャラクターたちとの交流が物語の中心となります。

日常の何気ない出来事や学校行事、季節のイベントなどを通じて物語は進行し、時にはドタバタとした騒動に巻き込まれることも。また、シェアハウスや少女たちには謎めいた秘密が隠されており、それが徐々に明らかになっていくミステリー要素も盛り込まれています。